本病尚需与下列疾病进行鉴别：
(一)系统性红斑狼疮颧部蝶形红斑、肾脏累及多及程度重，抗dsdna、抗sm抗体阳性，le细胞阳性率高，罕见灌木丛型甲皱毛细血管异常，手面罕见肿胀和手指硬化可与mctd鉴别。
(二)硬皮病本病皮肤硬化不仅局限于面、手部，臂、颈和躯干部亦可累及，ana荧光核型除斑点外尚可见着丝点型，抗nrnp抗体阳性率低，且为低效价，对皮质类固醇的效应亦较差，可予鉴别。
(三)皮肌炎或多发性肌炎mctd尚具有皮肌炎外若干红斑狼疮和硬皮病特征，血清高阳性率和高效价抗nrnp抗体可予区别。
(四)重叠综合征此类病例症状需同时符合两种疾病以上的诊断标准，且无高效价的抗nrnp抗体。
