一般人认为，菌痢的诊断比较容易，以为出现便可诊断菌痢，实际上很多疾病可出现腹泻，有腹泻者不一定是感染性腹泻，更不一定是菌痢。在领域内，误诊率最高的不是病毒性肝炎等病，而是菌痢。有时将菌痢诊断为其它病，更常见是将其它病误诊为菌痢。诊断菌痢，必须符合下列条件。
(1)接触史：病前7天内有菌痢接触史或不洁交。
(2)临床表现：突然起病，发热，腹痛腹泻，左下腹痛为主，便次频繁，里急后重，下坠，左下腹有压痛，大便为脓血便或粘液便，镜检可见较多红、白细胞。
(3)大便培养志贺氏菌阳性。
如具备(1)、(2)条，临床上可诊断菌痢，如需确诊，需要大便培养阳性
