《难经》不但主张因四时季节不同，针刺深浅有别，而且还提出因四时不同取穴针刺亦有差异。
《七十四难》：“春刺井者，邪在肝；夏刺荥者，邪在心；季夏刺输者，邪在脾；秋刺经者，邪在肺；冬刺合者，邪在肾。……四时有数，而并系于春夏秋冬者也。针之要妙，在于秋毫者也。”
《六十五难》：“然，所出为井，井者东方春也，万物始生……合者北方冬也……。”
《六十八难》：“井主心下满（肝主满），荥主身热（心主热），俞主体重节痛（脾主重），经主喘咳寒热（肺主咳喘），合主逆气而泄（肾主泄）。”
这种将五输穴分四时而刺的主张，与《内经》有关内容有区别，对后世的影响很大。