1992年7月8日，第一次香山科学会议召开，会议的主题是“21世纪初自然科学发展趋势”。
香山科学会议是由科技部（原国家科委）发起，在科技部和中国科学院的共同支持下于1993年正式创办，相继得到国家自然科学基金委员会、中国科学院学部、中国工程院、教育部、解放军总装备部和国防科工委等部门的资助与支持。上述各单位均为香山科学会议的理事会成员单位。
香山科学会议的宗旨是：创造宽松学术交流环境，弘扬学术民主风气，面向科学前沿，面向未来，促进学科交叉与融合，推进整体综合性研究，启迪创新思维，促进知识创新。
基础研究的科学前沿问题与我国重大工程技术领域中的科学问题均可作为会议主题。会议侧重于：探讨科学前沿、展望未来发展趋势、讨论最新突破性进展、交流新的学术思想和新方法、分析新学科的生长点以及交叉学科的新问题。
香山科学会议实行执行主席负责制，以评述报告、专题发言和深入的自由讨论为基本方式，报告时间与讨论时间的比例大体为1：1至1：2。要求报告人以过去的研究积累为基础，涵盖最新，信息把握最新动向，发表新的见解。同时，鼓励对原有理论提出质疑，提倡发表不同意见，并提出有独创性的思考与见解。
香山科学会议每年分两次公布全年的会议安排，每年1月1日发布上半年的会议安排计划，7月1日发布下半年会议安排计划。申请者可以集体或个人的名义自由申请召开香山科学会议。申请的会议主题经过同行专家评议后，由理事会最后审定。会议主题确立后，该主题的申请人、执行主席与香山科学会议的学术秘书共同磋商，确定会议召开的日期、中心议题、评述报告、专题发言与人员安排。