开明汤
处方：羌活、白芷、荆芥、防风、菊花、川芎、生地、黄芩、当归尾、蔓荆子、草决明、薄荷、灯心、生姜。功能主治：目疾，时气风热，眼昏红肿者。摘录：《慈幼新书》卷二
眼科阐微
其治目疾立论于肺肝二经失常，治疗擅用开郁散表、清热熄风之法，以十大将军冲翳散加减之“吹冲法”（药气熏目），结合内服开明汤、补脑还睛丸等收功。康熙四十年（1701）年逾七旬，恐其秘方失传，乃付梓行世，并附自撰《眼科入门》一卷、《眼科阐微》四卷及《注孙真人眼科诀后》一卷，合为《孙真人眼科秘诀》七卷。