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小儿病原方论
《小儿病原方论》儿科著作。卷一养子真诀及小儿变蒸，重点叙述小儿护理；如将辨小儿指纹的“风、气、命”三关改为“气、风、命”三关。即以食指初节为气关，中节为风关，末节为命门。且云：“初得气关病易治，传入风命便难陈”。1958年商务印书馆将本书与《小儿痘诊方论》合刊出版，书名为《陈氏小儿病源、痘疹方论》。
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伤寒真方歌括
《伤寒真方歌括》为伤寒著作。清·陈念祖撰。陈氏将《伤寒论》方分经辨证，以诗歌的形式予以阐释；并对《伤寒论》原文作了一些归纳整理，末附魏念庭《伤寒论》跋语。本书与陈氏《伤寒医诀串解》合刊，1958年由上海科技出版社出版。
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龙入虎口
龙入虎口为小儿推拿方法名。出陈氏《小儿按摩经》。陈氏《小儿按摩经·诸穴治法》：“板门穴，往外推之，退热除百病；往内推之，治四肢掣跳。用医之手大拇指，名曰：龙入虎口。”
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凤凰鼓翅
凤凰鼓翅为小儿推拿方法名。出陈氏《小儿按摩经》。又名凤凰转翅。陈氏《小儿按摩经·手法》：“掐精宁、威灵二穴，前后摇摆之，治黄肿也”。《推拿抉微·推拿各法》认为此法能降喉内痰响，治暴死。
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瘟疫霍乱答问
《瘟疫霍乱答问》瘟疫著作。清·陈虬撰。1902年东瓯霍乱流行，陈氏以白头翁汤加减等方治疗，颇有效验，遂编此书。作者辨析瘟疫霍乱，对其病因、治法等多所答辨。既有理论探讨，又有临床实践，对读者颇多补裨益。现有《中国医学大成》本。
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丹凤摇尾
丹凤摇尾为小儿推拿方法名。出陈氏《小儿按摩经》。用一手掐劳宫，一手掐心经，摇之。治惊风。
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斗肘走气
斗肘走气为小儿推拿方法名。出陈氏《小儿按摩经》。一手托住小儿斗肘穴运转，另一手握住小儿手掌摇动。用治痞症。
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景岳新方砭
《景岳新方砭》医论著作。清·陈念祖撰。刊于1804年。作者对张介宾《新方八阵》所载方剂及有关理论以书评的形式予以阐析辨驳，发表了个人的学术见解。陈氏认为该书所立新方，其配伍、方义多“杂沓模糊”，尤其是补阴、补阳之说，与张仲景立方之旨不合。现有《陈修园医书十六种》等刊本。
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南雅堂医案
《南雅堂医案》医案著作。清·陈念祖撰。本书选录陈氏生平治案，原系抄本。传抄至百余年后，于1920年经后人重为编辑，删订予以刊行。共八卷，按病证分为五十余门，包括内、儿、妇科多种病证治案。治法师古而能灵活化裁。现有石印本。
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心筋
心筋为推拿穴位名。即赤淡黄筋。出陈氏《小儿按摩经》。位于腕部掌侧横纹，正对中指与无名指之间处。掐之，即转热，使元气流通，除壅塞之患。
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大横纹
大横纹为推拿部位名，又名横纹。即腕部掌侧的横纹。出自陈氏《小儿按摩经》。《幼科推拿秘书·推拿手法》：“横纹者，大横纹也，手掌下一道大横纹，（月反）门直推到横纹，止吐神效；横纹转推到（月反）门，止泻神效。”
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钱养庶
钱养庶明末医案。号小休居士、处士。武林（今浙江杭州）人。擅长产科，尝将蕲阳（今湖北蕲春）陈氏所著保产之书，加以增订，更名为《绣阁保生书》（1631年）。该书详载难产、受胎保护、临产斟酌、产后当知等内容。可供产科临床之用。
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心演
心演为推拿穴位名。出陈氏《小儿按摩经》。位于两乳之间的心窝部，用治惊风。《针灸大成》卷十：“慢惊……两太阳、心演用潮粉热油拭之。”
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长沙方歌括
《长沙方歌括》为方书著作。清·陈念祖撰于1803年。“长沙方”即指张仲景《伤寒论》方。陈氏将《伤寒论》方的主治、药物、用量及煮服法等，以诗歌的形式予以编撰，并由其长子陈蔚另写方注，使读者易于习诵。但陈氏过于推崇经方的观点，有其片面性。解放后有排印本。
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老汉扳缯
老汉扳缯为小儿推拿方法名。又名老翁绞。出陈氏《小儿按摩经》。《针灸大成·卷十·手诀》：“以一手掐大指根骨，一手掐脾经摇之，治痞块也。”
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回生集
《回生集》为医方著作。清·陈杰辑。刊于1807年。作者在自序中曾有“请乩”之语，但选方以民间验方为主。卷上为内科诸病验方；卷下为外症、女科、小儿等病，共400余方。现有《珍本医书集成》本。此外，陈氏另有《续回生集》之作。
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陈莲舫医案秘抄
《陈莲舫医案秘抄》医案著作。董韵笙辑。陈氏系清代御医，诊疗对象主要是上层统治阶级。经治以虚证或脏腑功能失调的病证为多。用药平稳，以轻灵取胜。治法偏于调理、滋补。常一案拟具多方，书中列有各季调理方。语言简炼而少有浮词。